Le gouvernement fédéral souscrit au principe du « pollueur-payeur » en vertu duquel les pollueurs doivent prendre à leur charge les coûts d'assainissement.
Les gardiens sont chargés de gérer les risques ou d'assainir les sites dont ils assument la responsabilité. En 1995, le gouvernement du Canada a reconnu la nécessité d'une approche fédérale uniforme et efficace pour faire face aux sites contaminés. C'est ainsi qu'a été créé le Groupe de travail sur la gestion des lieux contaminés (GTGLC) que l'on a chargé de promouvoir des approches communes de gestion et d'assainissement des sites contaminés et d'établir des options de financement.
Ce comité interministériel existe toujours en vertu du PASCF et il relève du Comité directeur des sous-ministres adjoints pour les sites contaminés fédéraux (Comité directeur). Le Comité directeur se compose des sous-ministres adjoints des ministères gardiens qui administrent des sites contaminés. Coprésidé par Environnement Canada et le Secrétariat du Conseil du Trésor, le Comité directeur fixe les priorités, surveille l'état d'avancement des travaux et formule des recommandations au sujet du financement des projets en vertu du PASCF.
Secrétariat du Plan d'action pour les sites contaminés fédéraux (Secrétariat du PASCF), situé dans les bureaux d'Environnement Canada, coordonne les travaux du Comité directeur et du GTGLC, en plus d'assurer la gestion quotidienne du programme, ce qui en fait une partie intégrante de la structure globale du PASCF. Le Secrétariat du PASCF est appuyé dans ses travaux par quatre ministères experts de soutien, soit Santé Canada, Pêches et Océans Canada, Environnement Canada et Travaux publics et Services gouvernementaux Canada, qui dispensent aux gardiens des conseils techniques, de la formation et des directives.
Le Secrétariat du Conseil du Trésor du Canada est chargé de fournir le cadre global pour la gestion des sites contaminés fédéraux. Le Secrétariat du Conseil du Trésor procure par ailleurs les données nécessaires au PASCF en administrant le Répertoire des sites contaminés fédéraux. Bien que les sociétés d'État consolidées ne soient pas assujetties aux politiques du Conseil du Trésor, elles sont tenues de respecter des normes comparables de gestion et d'assainissement des sites contaminés pour avoir droit au financement du PASCF.