Les projets d'assainissement/gestion du risque et de suivi et d'entretien sont classés par ordre de priorité selon la nature, la gravité et l'imminence du risque pour la santé humaine, la sécurité et l'environnement que présentent les sites contaminés qui se rattachent à ces projets. Les gardiens sont tenus de procéder à diverses évaluations du risque pour la santé humaine et l'environnement selon le coût estimatif total d'un projet (inférieur, égal ou supérieur à 250 000 de dollars). Les projets sont notés selon les résultats de l'évaluation des risques et un certain nombre d'autres facteurs avant d'être classés. Deux listes de sites prioritaires établies d'après chacune des catégories de coût total d'un projet sont alors établies par le Secrétariat du PASCF.
Le GTGLC formule des recommandations sur le financement des listes des projets prioritaires à l'intention du Comité directeur. Ce comité recommande alors l'affectation de ressources aux projets qu'il soumet à l'approbation des ministres du Conseil du Trésor.
En 2008, un manuel de référence a été conçu pour venir en aide aux gardiens fédéraux qui entendent solliciter le financement du PASCF.